刘陌，广州霍夫曼免疫研究所教授，硕士生导师。
基本信息
2013年本科毕业于南开大学生物科学专业，2015年获新加坡国立大学硕士学位，2021年获杜克大学和新加坡国立大学联合授予生物信息学博士学位，师从Steven.G.Rozen教授（PCR引物设计引擎Primer3发明者，论文引用数近70000次）。2021年起在新加坡Duke-NUS Medical School进行博士后研究。2022年至2024年在生物创新药企业百济神州担任高级研发科学家，参与多个大规模临床试验的真实世界数据分析。2024年4月起任广州医科大学广州霍夫曼免疫所教授，入选广州医科大学南山学者骨干人才。
多年专注于癌症的多组学数据分析和研究，通过生物信息学的计算手段挖掘多组学数据中的关键信息，目的是为疾病的发生机制、治疗手段提供新的解读。作为课题负责人参与2项新加坡国家级项目（新加坡卫生部国家基金及新加坡国家医学研究基金委）。近五年在Nature, PNAS, Cancer Discovery等顶级杂志发表论文10余篇，论文引用数近千次。受邀参加第十届全国计算生物学与生物信息学大会，冷泉港亚洲CSH-Asia: Computational Biology of Genome会议进行口头报告。担任hLife青年编委，Molecular Biology and Evolution, Scientific Reports, Interdisciplinary Sciences:Computational Life Sciences等期刊审稿人。
研究方向
实验室以多组学和生物医学大数据分析为核心，专注于以下方向：
(1) 天然免疫应答是机体应对自然界中复杂的感染源的第一道防线。广州霍夫曼免疫研究所自有的果蝇突变体库为依托大数据从事天然免疫研究提供了宝贵资源。利用果蝇和哺乳动物模型系统，运用生物信息学方法（如多组学探索天然免疫应答在衰老、肿瘤及其它疾病等重大生命过程中的调控机制及分子基础）；
(2) 以解决生物学问题为导向，利用机器学习和深度学习开发多组学数据融合分析、大规模组学数据整合的计算模型；
(3)突变特征 (Mutational Signature) 在多组学数据层面的生物学意义及其在临床上的转化应用。
(4)临床大队列基因组测序：与多个临床医学中心展开合作，探究不同疾病人群的基因组景观特征。
主持及参与的科研项目
新加坡卫生部国家基金，MOH-000032/MOH-CIRG18may-0004，Systems for assessing mutation signatures in-vitro and discovering mutagenic exposures in tumors，2019至今，144.3万新加坡元，在研，参与
新加坡国家医学研究基金委，NMRC/CIRG/1422/2015，Systems for assessing mutation signatures in-vitro and discovering mutagenic exposures in tumors，2016-2019，174.6万新加坡元，结题，参与
部分代表性成果
Chen L*, Zhang C*, Xue R*, Liu M*, …, Rozen S., and Bai F. (2024) Deep Whole Genome Analysis of 494 Hepatocellular Carcinoma. Nature. 2024 Feb 14; 1-8
Boot A.*, Liu M.*, …, Jinks-Robertson S. and Rozen S. (2022) Recurrent mutations in topoisomerase IIα cause a previously undescribed mutator phenotype in human cancers. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2022 Jan 25;119(4):e2114024119
Liu M., Wu Y., …, and Rozen S. (2023) mSigHdp: hierarchical Dirichlet process mixture modeling for mutational signature discovery. NAR Genomics and Bioinformatics 5.1: lqad005.
Liu M., Boot A., Ng WTA., Gordan R. and Rozen S. (2021) Mutational Processes in Cancer Preferentially Affect Binding of Particular Transcription Factors. Scientific Reports. 11, 3339 (2021).
Xu L, Liu M, Huang R, et al (2023). Association of liver metastases, tumor microenvironment, and treatment outcomes in patients with urothelial bladder cancer treated with tislelizumab. 10.1200/JCO.2023.41.6_suppl.537 Journal of Clinical Oncology 41, no. 6_suppl (February 20, 2023) 537-537. (IF:50.72)
Zhao Y, Wu Y, Liu M, et al. DEAR: Dual-Level Self-attention GRU for Online Early Prediction of Sepsis International Conference on Web Information Systems and Applications. Cham: Springer International Publishing, 2022: 424-435.
Jusakul, A., Cutcutache, I., …Liu M., … and Choo, S. P. (2017). Whole-genome and epigenomic landscapes of etiologically distinct subtypes of cholangiocarcinoma. Cancer discovery, 7(10), 1116-1135.
目前课题组成员
博士后
周静娴博士
科研助理
郑淇
硕士研究生
杨映（2024级）
招生专业：生物学-生物信息与计算生物学/基础医学-免疫学等相关方向（对生物信息学方向有强烈兴趣）
联系方式：lmliumo@foxmail.com
